As razões para estas bactérias terem adquirido resistência aos antibióticos podem ser diversas, e a ciência continua a debater que teoria será mais precisa.
Poderá ser uma resposta natural ao uso excessivo de antibióticos que tem acontecido nas últimas décadas, tanto na medicina como na agricultura; pode ser um problema de transferência genética – as bactérias podem partilhar genes entre si, facilitando a propagação da resistência aos antibióticos, ou simplesmente poderia ter acontecido devido a mutações espontâneas, que podem conferir resistência a certos antibióticos.

Segundo Patricia Guillem, da Universidade Europeia de Valência, algumas das bactérias mais perigosas são a Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae, Acinetobacter baumannii e Pseudomonas aeruginosa.
A pergunta a que a comunidade científica procura responder é: como tratar as infeções por elas causadas e melhorar a qualidade de vida dos pacientes acometidos?

Para a catedrática de Epidemiologia a resposta para este problema pode estar na fagoterapia. Esta estratégia usa os bacteriófagos, popularmente conhecidos como fagos, ou seja, vírus que infetam exclusivamente bactérias. A vantagem deste tratamento é que os fagos são altamente especializados, podendo ser utilizados para eliminar determinadas bactérias, sem danificar a flora bacteriana natural do organismo.

Além disso, os fagos são fáceis de manipular e possuem baixo custo de produção. Podem ser utilizados para diagnóstico e tratamento de doenças bacterianas, mas também para prevenção, pois têm a capacidade de atuar como probióticos.
O facto de serem tão eficazes nos seres humanos como nos animais e nas plantas, poderiam, para além da medicina, ser utilizados na saúde animal e na agricultura.

Os especialistas salientam, contudo, que embora esta seja a opção mais promissora, o tratamento com fagos ainda está numa fase inicial de desenvolvimento. A investigação atual concentra-se em melhorar a eficácia da terapia usando combinações de fagos e manipulação genética para aumentar a sua especificidade.

Apesar de tudo, referem, o principal desafio deste tratamento é a regulamentação. Isto porque atualmente não existe qualquer regulamentação que aprove o uso da terapia fágica. Os fagos são seres vivos, portanto o seu uso é mais complexo do que o de uma substância convencional. Mas isto, de acordo com a professora Guillem, não significa que se esteja longe de ter tratamentos eficazes com terapia fágica.